في 1 مايو 2005، عُقد في إسطنبول مؤتمر بعنوان "البحث عن رؤية جديدة في عالم متغير" بقيادة وقف متطوعي تركيا (TGTV)، وبمشاركة أكثر من ثلاثمائة منظمة مجتمع مدني من 40 دولة.
في اليوم الأول للمؤتمر، ألقى رئيس مجلس الأمة التركي الكبير السيد بولنت أرينتش كلمة، بينما ألقى وزير الخارجية السيد عبدالله جول كلمة في اليوم الثاني. وفي الجلسة الأخيرة للمؤتمر، تم طرح مسودة النظام الأساسي للاتحاد المزمع تأسيسه للمناقشة، وتقرر بصلب تصويت Representatives المشاركين تأسيس "اتحاد منظمات المجتمع المدني في العالم الإسلامي".
وقد زف رئيس وزراء الجمهورية التركية السيد رجب طيب أردوغان بشرى تأسيس الاتحاد الجديد إلى الرأي العام من تحت قبة مجلس الأمة التركي الكبير.
وبهدف بناء تعاون مستدام يستند إلى القيم المشتركة بين منظمات المجتمع المدني العاملة في مناطق مختلفة من العالم الإسلامي، تم انتخاب نجمي صادق أوغلو أمينًا عامًا للاتحاد في دورته الأولى، وانتخاب المحامي علي كورت ممثلاً لتركيا. وتم اعتماد مدينة إسطنبول مقرًا رئيسيًا للاتحاد.
اكتسب تأسيس الاتحاد صفة رسمية كمنظمة دولية بموجب قرار مجلس الوزراء بتاريخ 31 ديسمبر 2005، وذلك في إطار القانون رقم 3335 الخاص بتأسيس الجمعيات والهيئات ذات الطابع الدولي.
ومنذ عام 2022، يتولى أيوب أكبال مهام الأمين العام للاتحاد. ويواصل الاتحاد أنشطته تحت شعار "6 قارات، 66 دولة، أمة واحدة"، حيث يضم في عضويته حاليًا 488 منظمة.

